سید مرتضی تقوی درسال 1359 در سن 18 سالگی وارد حوزه علمیه قم شد. قبل از ورود به حوزه مقدمات ادبیات عرب را نزد پدر آموخته بود، دوره مقدمات را تا سال 62 به پایان رساند و از سال 63 تا 66 در محضر درس لمعه و قوانین حضرت آیت الله آقای شیخ حسین راستی کاشانی حضور یافت. در سال 64 در کنکور سراسری شرکت کرده و با احراز رتبه 15 برای تحصیل جامعه شناسی وارد دانشگاه تهران شد. همزمان با دروس سطح حوزه، تحصیلات دانشگاه را نیز تا پایان دوره لیسانس ادامه داد و پس از آن ممحض در دروس حوزه شد. مکاسب را از محضر مرحوم آیت الله شیخ احمد پایانی و رسائل را اغلب از محضر آیت الله شیخ مصطفی اعتمادی استفاده کرد. کفایه را در خدمت آقا شیخ مهدی گنجی فرا گرفت و در سال 71 وارد مرحله دروس خارج شده و در فقه عمدتاً از محضر آیت‌الله آقای سیدمحمود هاشمی شاهرودی استفاده کرد و به مدت 8 سال مستمراً ملتزم درس ایشان در کتاب البیع و کتاب القضاء بود. در اصول از محضر آیت‌الله آقای شیخ حسین وحید خراسانی استفاده کرد و 9 سال درس اصول ایشان را مستمراً شرکت و گزیده دروس اصول ایشان را از نواهی تا آخر برائت در 10 دفتر تقریر کرد. حدود دو سال نیز از درس فقه (مکاسب محرمه) آیت الله منتظری و درس فقه (کتاب صلاة) آیت الله میرزا جواد تبریزی استفاده برد. در حکمت نیز مطالعات و تأملاتی داشته و با حوزه علوم اجتماعی نیز چون رشته دانشگاهی ایشان بود آشنایی دارد. 

در سال 1361حین اشتغال به تحصیل ادبیات در حوزه؛ کتاب «امرئتان و الرجل» از نوشته های شهیده بنت الهدی صدر را تحت عنوان «سرنوشت دو خواهر» به فارسی ترجمه کرده که انتشارت جامعه مدرسین آن را چاپ و منتشر کرد. از سال 74 همکاری با مجله تخصصی فقه اهل‌بیت را آغاز و مقالات فقهی خود را در آن منتشر کرد؛ اغلب مقالات فقهی استادشان جناب آقای هاشمی شاهرودی که در این مجله انتشار یافته نیز با قلم ایشان به فارسی تقریر شده است. از سال 78 تا 80 مسئولیت مرکز مطالعات و تحقیقات اسلامی دفتر تبلیغات را بر عهده داشته و تقریباً همزمان با آن مسئولیت مرکز تحقیقات فقهی قوه قضائیه نیز به عهده او واگذار شد. در طول سال‌های گذشته مخصوصاً پس از اتمام دروس خارج، به تدریس  فقه و اصول و نیز راهنمایی و مشاوره و داوری پایان نامه‌های سطح سه و چهار و دکتری حوزه و برخی دانشگاهها اشتغال داشته‌است.